בתקופת הרדיפות התפרקה רומניה לאזורים: הממלכה הישנה (הרגאט), בסרביה, בוקובינה (צפון ודרום), טרנסילווניה (צפון ודרום) וטרנסניסטריה. למרות ההתפרקות נותרו אלמנטים חשובים משותפים לכל האזורים הללו, שהיוו ערב השואה יחידה מדינית אחת. הערכים בפנקס מחולקים לנושאים הבאים: תולדות יהודי הרגאט; תולדות יהדות טרנסילווניה הדרומית; טרנסניסטריה, וכוללים קהילות מאורגנות, יישובים קטנים וקהילות שהולידה תקופת הרדיפות והשואה.
מפעל פנקסי הקהילות, שערך במשך עשרות שנים הד"ר שמואל ספקטור, הוא המורכב, המעמיק והנרחב ביותר בתחום ההוצאה לאור של יד ושם. במשך שלושים וחמש שנה עמלו חוקרים ביד ושם לאסוף חומר ולתעד את כל אחת ואחת מהקהילות באירופה ובצפון אפריקה אשר נכחדו בשואה. כל פנקס מיוחד למדינה אחת. כל אחד מהערכים בפנקסים מקיף את תולדות הקהילה או היישוב היהודי מראשיתם עד הכחדתם או צמצומם עקב השואה שפקדה את עם ישראל במלחמת העולם השנייה.
כל פנקס מספר על תולדות הקהילה היהודית במקום בשלוש תקופות: מתחילת ההתיישבות עד תום מלחמת העולם הראשונה; בין שתי מלחמות העולם; במלחמת העולם השנייה ואחריה. חיי הקהילות מתוארים בפירוט רב, ובכלל זה התארגנות בקהילה, חיי כלכלה וחברה, חיי רוח, פעילות פוליטית, מבנים ואישים.
הפנקסים משופעים במפות, בתצלומים, בסרטוטים ובטבלאות.
"סדרת 'פנקסי הקהילות' של הוצאת יד ושם הנה מפעל כה הכרחי וכה מרטיט לב, עד שכמעט אי אפשר להגזים בחשיבותו. מומלץ לעיין כדי לדעת מניין שאבו אבותינו המומתים את אומץ ליבם, וכדי לדעת כיצד, לאורך המאות, נרקמו שם חיים יהודיים, ועם אילו מסורות ומורשות עלו היהודים לישראל והקימו בה מדינה, ומה עלה כאן בגורלן של מסורות ומורשות אלה." [אדם ברוך, מעריב, 9 באפריל 1999]
